Bogata istorie arhitecturală a complexului a început odată cu finalizarea primei clădiri a muzeului, construită în 1939 de Philip L. Goodwin și Edward Durell Stone și a devenit imediat clar că nu era suficient spațiu. Philip Johnson a construit două clădiri suplimentare pentru MOMA - în 1951 (acum demolat) și în 1964. Cesar Pelli a adăugat spații de expoziție complexului, precum și un complex rezidențial „Tower Museum” de 52 de etaje.
Taniguchi, care a lucrat la proiectul de reconstrucție împreună cu biroul Kon Pedersen Fox, a încercat să păstreze toate urmele restructurării anterioare, evidențiind în ele unghiuri neașteptate.
În ciuda faptului că secolul al XX-lea s-a încheiat și de mult timp cea mai modernă artă a fost expusă la Muzeul Guggenheim, arhitectul nu a acordat clădirii un accent intens asupra viitorului. Dimpotrivă, liniaritatea accentuată și suprafețele netede ale pereților transmit completitudinea acestei experiențe istorice.
Noul hol cu o fațadă din sticlă gri și granit negru este precedat de un ansamblu de clădiri de epoci diferite. În interior, trecând de-a lungul unui șir de coloane albe, vizitatorul intră într-un atrium imens, în jurul căruia sunt concentrate galeriile de expoziție de pe toate cele șase etaje. Poduri ușoare la peretele îndepărtat al holului conectează holurile la diferite niveluri.
Lucrările ulterioare sunt situate pe nivelurile inferioare, clasici incipiente și incondiționate ale artei secolului XX - în partea de sus.
Când vizitatorul se uită în jos de la nivelul superior al sălilor, vede printre lumină și, cum ar fi, dizolvând în arhitectura aerului cele mai semnificative lucrări ale unei anumite perioade. Privind prin peretele de sticlă al uneia dintre fațadele anexei Taniguchi, mașinile sport ale lui Rodin Balzac și italiene sunt vizibile simultan în galerii de diferite niveluri.
Un loc special în ansamblul muzeului îl ocupă o grădină cu mesteceni plângători și poduri de marmură, situată în spatele peretelui de sticlă al holului. Este situat pe terase joase care îi conferă o senzație spațioasă. Împreună cu noua clădire cu șase etaje, în grădină se deschid și clădiri vechi, care acum găzduiesc un centru educațional, o bibliotecă de film și o arhivă foto.
